Również po zakończeniu działań wojennych komponował muzykę filmową, m.in. do najważniejszych polskich obrazów lat 40. – Ostatni etap, Ulica Graniczna, Zakazane piosenki. Z uwagi na nieprzejednaną postawę wobec socrealizmu usunięto jego nazwisko z czołówki filmu Miasto nieujarzmione (1950). Ostatnim filmem z jego muzyką, który mogli oglądać widzowie w okresie PRL-u, były Dwie godziny (premiera 1957) – mroczny obraz Stanisława Wohla i Jerzego Wyszomirskiego, podejmujący problem rozrachunków z czasem wojny, który cenzura przetrzymywała od roku 1946.
W 1947 Roman Palester przeniósł się do Paryża jeszcze bez zamiaru emigracji. Władze polskie natarczywie namawiały go do powrotu, on odmawiał m.in. udziału w Światowym Kongresie Intelektualistów w Obronie Pokoju we Wrocławiu (1948). Wrócił na Zjazd Kompozytorów i Krytyków Muzycznych w Łagowie Lubuskim (1949), gdzie działalność polskich kompozytorów podporządkowano socrealizmowi.
Określony jako „formalista”, Palester zdecydował się na stałą emigrację. W latach 1952–1972 mieszkał w Monachium i pracował jako kierownik działu kulturalnego polskiej sekcji Radia Wolna Europa.