Komiks mały|270x270px|Stan Lee w trakcie służby wojskowej, lata 40. W latach 50. Lee wrócił do wydawnictwa, które znane było już wtedy jako Atlas Comics. Kontynuował karierę scenarzysty, pisząc utrzymane w różnej stylistyce komiksy, głównie romanse, westerny oraz sci-fiction. Pod koniec dekady był rozczarowany swoją pracą i rozważał odejście ze spółki. Na początku lat 60. zaproponował zmianę nazwy wydawnictwa na Marvel Comics. W odpowiedzi na rosnącą popularność drużyn superbohaterów, takich jak wydawane przez konkurencyjne DC Comics Justice League Of America, Stan został zobligowany przez swojego szefa Martina Goodmana do stworzenia takiej drużyny. Kiedy dostał zlecenie od Goodmana, chciał już porzucić wydawnictwo. Jego żona Joan namówiła go, by napisał historię zupełnie inną niż dotychczasowe, bardziej nastawioną na myśli bohaterów i zaangażowanie w rzeczywiste problemy świata, w przeciwieństwie do odrealnionych historii z DC. W taki sposób powstali bohaterowie niepozbawieni normalnych, ludzkich problemów, bliżsi czytelnikowi niż znani z komiksów DC niezniszczalny, pomnikowy Superman czy niewyobrażalnie bogaty Batman. Pierwszymi bohaterami stworzonymi przez Stana Lee byli Fantastic Four. Gdy komiksy z nimi w roli głównej odniosły sukces, Stan stworzył kolejnych bohaterów, z którymi czytelnik mógłby się identyfikować.