Organizator PPS-WRN Po wybuchu wojny, w pierwszych dniach września 1939, został ewakuowany wraz z całym urzędem na wschód. W Zaleszczykach zrezygnował z przekroczenia granicy i wraz z rodziną przedostał się 22 października do Warszawy. Poszukiwany przez Gestapo, posługiwał się fałszywymi dokumentami – po zmarłym emerycie – na nazwisko „Jan Bogon”. Zapuścił brodę i chodził o lasceRomuald Kaczmarek, List w sprawie artykułu o Antonim Purtalu, „Przegląd Nauk Historycznych”, R. 5, 2006, nr 2(10), s. 317.. Od grudnia 1939 kierował okręgiem Warszawa-Podmiejska PPS-WRN oraz kierował warszawskim okręgiem Gwardii Ludowej WRN.
Aresztowanie i śmierć thumb|Zdjęcie, na podstawie którego A. Purtal został rozpoznany na Pawiaku 3 czerwca 1942 został przypadkowo aresztowany w mieszkaniu żony Mariana Malinowskiego. Funkcjonariusze Gestapo z uwagi na brodę sądzili początkowo, że schwytali Tomasza ArciszewskiegoAdrian Uljasz, Antoni Purtal (1895-1943), pseudonimy „Szczerba”, „Janek” – działacz łódzkiej PPS, „Przegląd Nauk Historycznych”, R. 3, 2004, nr 1(5), s. 101.. Został osadzony na Pawiaku i w toku śledztwa rozpoznany jako „od dawna poszukiwany przez łódzkie Gestapo Antoni Purtal”.