W grudniu 1946 roku Kościół został warunkowo przyjęty do Chrześcijańskiej Rady Ekumenicznej na okres jednego roku, z zastrzeżeniem, że przez rok nie będą mogli ubiegać się o pomoc materialną. W czerwcu 1949 roku ponownie rozpatrywano wniosek KChWE o przyjęcie do Rady. Wniosek odrzucono.
W 1953 związek przystąpił do ZKE. W 1956 część zborów wyłamała się z ZKE i próbowała utworzyć niezależny związek. Punktem zapalnym były wybory kandydatów do Rady Kościoła, kiedy uzyskali 11 mandatów na całkowitą liczbę 30. Urzędująca Rada Kościoła unieważniła wyniki wyborów. W odpowiedzi postanowiono wystąpić z ZKE, a do Urzędu ds. Wyznań złożono wniosek o rejestrację Kościoła Chrześcijan Wiary Ewangelicznej. Na prezesa wybrano Teodora Maksymowicza. Władze zabroniły separatystom prowadzenie działalności poza obrębem ZKE, zabroniły też sprawowania funkcji duchownych. Najbardziej dotkliwą metodą walki z separatystami okazała się sprawa użytkowania własnych kaplic. Inną metodą były utrudnienia w wyjazdach zagranicznych, zwłaszcza do krajów kapitalistycznych. Ze względu na brak jednomyślności zbory zaczęły wracać. Do 1961 większość zborów wróciła do ZKE. Najdłużej opierały się zbory w województwie lubelskim, które wróciły w roku 1966. Kazimierz Czepieluk (1905-1969) do końca życia działał poza ZKE.