Stanowisko to zajmował do grudnia 2006.
Po objęciu urzędu prezydenta Mauretanii przez Sidiego Muhammada uld Szajcha Abdallahiego, Waghaf 28 kwietnia 2007 został mianowany ministrem-sekretarzem generalnym urzędu prezydenta republiki, Agence Mauritanienne d'Information, 28 kwietnia 2007.. 5 stycznia 2008 Waghaf został wybrany przewodniczącym Narodowego Paktu na rzecz Demokracji i Rozwoju (ADIL), partii powołanej w celu wspierania rządów prezydenta Abdallahiego, Agence Mauritanienne d'Information, 5 stycznia 2008..
6 maja 2008, po rezygnacji ze stanowiska premiera Mauretanii przez Zina uld Zidana, prezydent Abdallahi mianował Jahję uld Ahmada al-Waghafa nowym szefem rządu"Mauritania: Ould Ahmed El Waghev becomes new Premier", African Press Agency, 6 maja 2008..
Zamach stanu 2008 4 sierpnia 2008 25 z 49 deputowanych oraz 24 z 45 senatorów proprezydenckiej partii ADIL ogłosiło opuszczenie szeregów tej partii, co spowodowało utratę większości parlamentarnej przez rząd premiera al-Waghafa, APA, 4 sierpnia 2008..