Sigismondo był trzykrotnie żonaty. Pierwszą jego żoną była Ginevra d’Este, drugą Polissena Sforza, a trzecią Isotta degli Atti. Prawdopodobnie druga z nich została zamordowana przez niego samego. Tylko ślub z trzecią nie był spowodowany przyczynami politycznymi. Była ona bowiem od dziesięciu lat jego kochanką i dała mu również nieślubnego syna. Małżeństwo z nią było więc uregulowaniem stanu faktycznego.
Historia władcy kończy się w sposób dramatyczny. Na skutek nacisku króla Aragonii został on wykluczony z uczestnictwa w pokoju w Lodi, który położył kres wojnom włoskim. To wykluczenie stało się początkiem jego upadku. Wkrótce popsuły się relacje Malatesty z papieżem Piusem II, który jako Sieneńczyk był jego przeciwnikiem. Doprowadziło to do walk z wojskami papieskimi dowodzonymi przez Federico da Montefaltro. Malatesta został zmuszony do obrony i wreszcie pokonany pod Pian della Marotta nad rzeką Cesano. Klęska ta była początkiem upadku jego państwa.
Reputacja gwałtownika, która przylgnęła do Malatesty, była częściowo wynikiem konsekwentnego zniesławiania go przez Piusa II. Dnia 27 kwietnia 1462 Pius II wydał dekret w którym orzekł, że przeznaczeniem Malatesty jest piekło.