Proces Proces Josefa Fritzla przed sądem przysięgłych w St. Pölten rozpoczął się 16 marca 2009. Fritzl początkowo przyznał się do części zarzutów, tj. kazirodztwa, gwałtu i stosowania przemocy, nie przyznał się do zarzutów zabójstwa i zmuszania do niewolnictwa.
Drugiego dnia procesu sąd odsłuchał taśmę z zeznaniami córki oskarżonego, Elisabeth. Całość zeznań wynosiła 11 godzin. Następnie Fritzl przyznał się do wszystkich przedstawionych mu zarzutów. 19 marca 2009 zapadł wyrok, w którym sąd uznał Josefa Fritzla za winnego sześciu zarzucanych mu czynów, w tym morderstwa syna. Skazany został na karę dożywotniego pozbawienia wolności. Początkowo miał pozostawać w więzieniu w St. Pölten, ostatecznie trafił do ośrodka o zaostrzonym rygorze dla przestępców z zaburzeniami psychicznymi w więzieniu Stein w mieście Krems an der Donau.
W styczniu 2024 Sąd Okręgowy w Krems podjął decyzję o przeniesieniu Fritzla z zakładu o zaostrzonym rygorze do zwykłego zakładu karnego. Wcześniej psychiatra sądowy zdiagnozował u Fritzla postępującą demencję w zaawansowanym stadium.