Kiedy premierem został w maju 1940 Winston Churchill, Cripps otrzymał stanowisko ambasadora w ZSRR. Z misją specjalną do Moskwy został wysłany 18 maja 1940, jednak Józef Stalin przyjął go dopiero 1 lipca. 22 października 1940 przedstawił stronie radzieckiej memorandum, w którym Wielka Brytania gotowa była uznać, do czasu podjęcia konsultacji de facto suwerenność ZSRR w Estonii, Łotwie, Litwie, Besarabii i Północnej Bukowinie i tych częściach byłego państwa polskiego, które znajdują się obecnie pod władzą (control) radzieckąMagdalena Hułas, Memorandum Stafforda Crippsa z 22 października 1940 r. Polskie aspekty, w: Dzieje Najnowsze 1993, 4, s. 85.. Odegrał poważną rolę w poprawie stosunków brytyjsko-radzieckich po ataku III Rzeszy na ZSRR 22 czerwca 1941. Cripps powrócił do Wielkiej Brytanii w 1942 i niemalże od razu został członkiem gabinetu wojennego jako lord tajnej pieczęci i przewodniczący Izby Gmin. Rychło jednak zrezygnował z tego stanowiska i został ministrem ds. produkcji lotniczej. Na tym stanowisku nie wchodził już w skład gabinetu.