Historia i kontrowersje Pomysłodawcą budowy Ołtarza Trzech Tysiącleci był przeor klasztoru paulinów na Skałce Andrzej Napiórkowski, a fundatorami Lucyna i Piotr Skalscy. W styczniu 2007 Andrzej Napiórkowski ogłosił zamknięty konkurs na projekt nowego ołtarza, do którego zaproszono sześć zespołów; pięć z nich nadesłało projekty. Jury w składzie: ks. kard. Stanisław Dziwisz, o. Andrzej Napiórkowski, Jan Janczykowski (wojewódzki konserwator zabytków) i Piotr Skalski, wyłoniło projekt zespołu prof. Wincentego Kućmy. Koszt budowy wyniósł kilka milionów złotych. Ołtarz powstał w ciągu 9 miesięcy na miejscu, na którym wcześniej stał drewniany krzyż, przyniesiony podczas spotkania Jana Pawła II z artystami i młodzieżą w 1979 roku oraz ołtarz polowy. Projekt ołtarza wzbudził wątpliwości Rady Dzielnicy I, obawiającej się przytłoczenia Skałki oraz wojewódzkiego konserwatora zabytków, na którego prośbę wysokość filarów zmniejszono o 1 m.
W fundamenty ołtarza wmurowano kamienie węgielne z Watykanu, Gniezna i Teb, poświęcone przez kard. Stanisława Dziwisza.