Po walkach, które nie przyniosły rozstrzygnięcia, podpisano traktat, na mocy którego Ludwik Węgierski zagwarantował sobie prawo do korony neapolitańskiej po bezdzietnej śmierci Joanny.
Uspokojenie sytuacji w królestwie Neapolu pozwoliło Joannie i jej mężowi przeprowadzić uroczystą koronację, która odbyła się 27 maja 1352 w Neapolu w obecności arcybiskupa Bragi. Joanna w tym czasie nie angażowała się w sprawy państwowe, które przejął jej mąż, którego doradcą został Mikołaj Acciaiuoli. Dzięki zręcznej polityce królewskiego doradcy doszło to trwałego pokoju między neapolitańskimi i węgierskimi Andegawenami. W 1355 królewski małżonek zdecydował o wszczęciu wojny z królestwem Sycylii, gdzie panował nieudolny Fryderyk III. Mimo początkowych sukcesów wojskom neapolitańskim nie udało się zająć wyspy, na domiar złego Joanna i Ludwik zostali obłożeni przez papieża klątwą, gdy nie wywiązali się z zobowiązań finansowych należnych papiestwu, dodatkowo zubożały kraj ogarnęły bunty nieopłacanego wojska, co wykorzystali krewni Joanny, książęta Durazzo, popierani przez Ludwika Węgierskiego. Joanna i Ludwik musieli zmagać się również z wewnętrzną opozycją reprezentowaną przez hrabiów Andria, hrabiów Ariano, rodziną del Balzo i admirałem Goffredem Marzano.