Po wybuchu II wojny światowej 13 września 1939 roku został dowódcą lotnictwa Frontu Północnego. Po zakończeniu walk wrócił do rodziny we Lwowie. Tam został zatrzymany przez funkcjonariuszy NKWD i osadzony w więzieniu Brygidki, a następnie skierowany do obozu w Starobielsku. Wiosną 1940 został zamordowany przez funkcjonariuszy NKWD w Charkowie i pogrzebany – tak jak inni jeńcy tego obozu – w bezimiennej, zbiorowej mogile w Piatichatkach, gdzie od 17 czerwca 2000 mieści się oficjalnie Cmentarz Ofiar Totalitaryzmu w Charkowie. Figuruje na Liście Starobielskiej NKWD pod poz. 2586. Bliższe szczegóły nie są znane. Symboliczny grób Tadeusza Praussa znajduje się w Warszawie na cmentarzu ewangelickim przy ul. Żytniej, w grobie rodzinnym Gąsiorowskich i Praussów (kwatera P-1-1).
Ordery i odznaczenia Krzyż Srebrny Orderu Wojskowego Virtuti Militari nr 973 (8 kwietnia 1921) Srebrny Krzyż Zasługi (10 listopada 1925)M.P. z 1925 r. nr 262, poz. 1085 „za zasługi na polu rozwoju lotnictwa wojskowego”. Medal Pamiątkowy za Wojnę 1918–1921 Medal Dziesięciolecia Odzyskanej Niepodległości Polowa Odznaka Pilota nr 13 (11 listopada 1928)