27 sierpnia 2008 roku Derdiyok strzelił zwycięską bramkę w meczu z Vitórią SC (2:1) i zapewnił swojej drużynie udział w fazie grupowej Ligi Mistrzów. 4 listopada zdobył natomiast gola w zremisowanym 1:1 spotkaniu z Barceloną. FC Basel zajęło jednak ostatnie miejsce w swojej grupie i odpadło z rozgrywek Champions League. Łącznie dla szwajcarskiego klubu Derdiyok w 64 ligowych pojedynkach strzelił 20 bramek.
Bayer 28 maja 2009 roku Derdiyok podpisał kontrakt z Bayerem 04 Leverkusen. Umowa z klubem obowiązywała do 30 czerwca 2013 roku. W nowym klubie stworzył duet napastników ze Stefanem Kießlingiem.
TSG 1899 Hoffenheim 2 maja 2012 podpisał czteroletni kontrakt z TSG 1899 Hoffenheim. Umowa obowiązuje od 1 lipca 2012 roku.
Wypożyczenie do Bayeru W 2013 roku został wypożyczony z opcją pierwokupu do Bayeru 04 Leverkusen.
Kasımpaşa SK 1 lipca 2014 roku Derdiyok podpisał kontrakt z Kasımpaşa SK, a kwota transferu wyniosła 2,5 miliona euro.
Galatasaray SK 5 sierpnia 2016 roku oficjalnie potwierdzono, że od nowego sezonu Derdiyok będzie bronił barw Galatasaray SK. Kwota transferu wyniosła 4 mln.