Mimo wielokrotnych badań nie udało się tej hipotezy badawczej jednoznacznie potwierdzić lub wykluczyć Na tym samym cmentarzu pochowano też kilkadziesiąt ofiar Frondy.
Kościół wrócił do funkcji sakralnych w 1804 r. Rok później Pius VII odprawił w nim mszę w intencji 16 karmelitanek zgilotynowanych na placu de la Nation. W 1820 r. otrzymał nowe organy oraz rzeźbiony ołtarz głównyOpis organów. W czasie dni czerwcowych w 1848 r. w pobliżu kościoła zginął arcybiskup Affre, ugodzony zabłąkaną kulą. W czasie Komuny Paryskiej wycofujący się komunardzi podłożyli ogień pod kościół, który jednak nie poniósł większych strat.
Architektura Wejście do kościoła wiedzie poprzez skromną klasycystyczną fasadę z czterema pilastrami doryckimi podtrzymującymi fronton zwieńczony krzyżem. Bardziej ozdobne są fasady boczne, w których podobne frontony zostały udekorowane płaskorzeźbami. Wszystkie okna kościoła są półkoliste, tylko w niektórych znajdują się witraże poświęcone patronce świątyni. W odróżnieniu od innych kościołów swojej epoki, kościół Sainte-Marguerite nie posiada fresków, jedynie rząd obrazów na ścianach w kaplicach. Figura patronki z pierwotnego ołtarza głównego znajduje się obecnie w jednym z transeptów.