Parafia św. Jana Chrzciciela i Narodzenia NMP w Biskupcu – wchodzi w skład dekanatu biskupieckiego. Przed rokiem 1525 Biskupiec był siedzibą jednego z archiprezbiteratów warmińskich.
Historia Za datę powstania parafii przyjmuje się drugą połowę XIV wieku – kościół już istniał w czasie lokacji miasta przez biskupa warmińskiego Henryka Sorboma 17 października 1395.
W czasie wojny głodowej w roku 1414 kościół został spalony. Biskup Łukasz Watzenrode przeznaczył na jego odbudowę materiały z rozbiórki kościoła św. Ducha w Lidzbarku. Brak jest szczegółowych informacji, ale odbudowany kościół uległ zniszczeniu w czasie wojny polsko-krzyżackiej 1519-21. Nowy kościół konsekrował 26 kwietnia 1580 roku biskup Marcin Kromer. Wówczas w wieży kościelnej ulokowano szkołę. Szkoła parafialna w Biskupcu znana jest z 1565 r. Bractwo różańcowe w parafii biskupieckiej znane jest z 1628 roku.
Drewniana wieża kościoła spłonęła 13 maja 1651 r., a odbudowano ją w 1668. Wieża ponownie spłonęła 26 lutego 1700, a odbudowano ją w roku 1717. W latach 1728–1734 odbudowywano ponownie kościół. Kościół został powiększony :przedłużono prezbiterium i dodano ołtarze boczne Przemienienia Pańskiego i św. Walentego. Kościół ten był wielkości obecnej nawy środkowej.