Jego reputacja jako urzędnika i polityka umiarkowanego ucierpiała mocno w 1927 r., gdy jako szef policji był współodpowiedzialnym za krwawe stłumienie protestów robotniczych w Wiedniu (od strzałów policji i wojska padło 15 lipca 1927 r. 89 zabitych).
Od września 1929 r. Schober ponownie pełnił funkcje kanclerza i ministra spraw zagranicznych (wsparła go wówczas m.in. Heimwehr). W tym okresie swoich rządów ukończył reformę konstytucyjną (przyznającą więcej uprawnień prezydentowi, 1929) i uzyskał umorzenie reparacji wojennych (1930). Starał się także doprowadzić do skupienia uwagi na próbach złagodzenia objawów wielkiego kryzysu, a osłabienia walki politycznej w Austrii – zaproponował m.in. rozbrojenie organizacji paramilitarnych (lewicowy Republikanischer Schutzbund i prawicowa Heimwehr), co spowodowało jednak ostrą reakcję Heimwehry. Wydalenie z kraju jednego z jej liderów zaogniło konflikt z kanclerzem, w efekcie we wrześniu 1930 r., Schober został zastąpiony na stanowisku kanclerza przez Carla Vaugoina.