W grudniu 1425 wybuchła wojna, w której Carmagnola odznaczył się zarówno jako kondotier, jak i dyplomata. 11 października 1427 zwyciężył wojska Mediolanu w bitwie pod Maclodio. Po bitwie władze Wenecji, początkowo nieufne z powodu rzekomo zbyt hojnej wymiany jeńców, oddały mu należne wyrazy czci. Po traktacie pokojowym z 18 kwietnia 1428 walki rozpoczęły się ponownie w 1431. Był to początek końca Carmagnoli. Najpierw, z powodów odeń niezależnych, nie zdołał pomóc flocie weneckiej na Padzie, przez co poniosła ona klęskę. Następnie Wenecja utraciła Cremonę, bo wycofał się z niej Cavalcabò, nie doczekawszy się pomocy od Bussone. Na dodatek wojska cesarza Zygmunta spustoszyły Friuli, co nie spotkało się z żadną reakcją ze strony dowódcy wojsk weneckich. To wszystko wydało się bardzo podejrzane w oczach Rady Dziesięciu (wł. Consiglio dei Dieci). Ponadto istniały dowody na to, że Bussone znowu chce zmienić front i spiskuje z Viscontim przeciwko Wenecji. Rzekomo Filippo Maria obiecał mu signorię Brescii.
Carmagnola został więc aresztowany, osądzony i skazany na śmierć.