Astronomia Zachowane prace Mateusza z Szamotuł dotyczą astronomii i astrologii (uprawianych wtedy łącznie). W okresie jego studiów Uniwersytet Krakowski cieszył się dużą sławą ośrodka badań nad astronomią, a Mateusz był jednym z cenionych uczonych. Największe znaczenie ma jego komentarz do traktatu Johannesa de Sacrobosco Ioannis de Sacro Bosco astronomi celeberrimi sphericum opusculum cum lucida et familiari expositione per Matthaeum Shamotuuliensem (1522). W pracy tej, dedykowanej biskupowi Piotrowi Tomickiemu, Mateusz powołuje się na liczne autorytety starożytne, ale także na współczesnych autorów polskich: Jana ze Stobnicy i Macieja z Miechowa. Komentarz cieszył się dużą popularnością w XVI w. i zachowało się jego wiele egzemplarzy.
Mateusz z Szamotuł nie pozostawił po sobie dzieł ściśle filozoficznych. W czasie jego studiów i wykładów, na Uniwersytecie Krakowskim panował pluralizm filozoficzny (via communis). Był to też okres dużego znaczenia szkotysty i humanisty Jana ze Stobnicy, pod którego wpływem pozostawał Mateusz.