Z jego inicjatywy opracowano plan gospodarczy, który w 1937 przekształcono w pięcioletni Program Rozwoju Mandżurii, ukierunkowany na zwiększenie produkcji w tym podporządkowanym Japonii obszarze poprzez rozwój kapitałochłonnego przemysłu zarządzanego przez japońskie kadry. Znaczącym świadectwem uznania, jakim cieszył się w armii, była jego nominacja z 1935 roku na szefa oddziału operacyjnego Sztabu Generalnego.
Jego rosnące ambicje polityczne, w tym próba doprowadzenia do upadku gabinetu premiera Ugakiego w styczniu 1937, przyczyniły się jednak do osłabienia jego pozycji. Mimo wcześniejszego udziału w ekspansji Japonii na kontynencie azjatyckim Ishiwara sprzeciwiał się rozpoczęciu wojny japońsko-chińskiej po incydencie na moście Marco Polo w 1937 roku, uznając ZSRR za głównego przeciwnika Japonii. Wraz z rozwojem wojny kolejne decyzje kadrowe odsuwały go od ośrodków dowodzenia i w 1941 zmuszono go do odejścia ze służby.
Wezwanie go w charakterze świadka podczas procesów tokijskich w latach 1946–1948 skłoniło Ishiawarę do publicznego domagania się uznania własnej odpowiedzialności za wydarzenia z 1931 roku;