Według niektórych źródeł pierwszym głównym inspektorem SOP na początku 1941 był Stanisław Tabisz „Piotrowski”, który jednak zrezygnował, lub co bardziej prawdopodobne nie podjął funkcji z uwagi na zastrzeżenia Stronnictwa Ludowego. Następnie, funkcję głównego inspektora pełnili: ppłk Władysław Galica „Poręba” (od lipca 1941 do aresztowania w czerwcu 1943), płk Józef Koczwara „Zbigniew” (od czerwca 1943 do października 1944). Według niektórych źródeł inspektorem głównym WSOP przed powstaniem był płk Edward Biernacki „Wilk”. Od początku 1943 zastępcą Inspektora Głównego był ppłk Adam Borkiewicz „Leszczyński”, zaś funkcję szefa łączności i sekretariatu pełniła od 1941 do czerwca 1943 Maria Gawrońska „Ludmiła”.

Na poziomie okręgów funkcjonowali inspektorzy okręgowi, którzy podlegali komendantowi okręgu AK, na poziomie obwodów inspektorzy obwodowi, zaś na poziomie rejonów podinspektorzy. Oddziały WSOP formowane były jak oddziały liniowe: w sekcje, drużyny, plutony i kompanie. Początkowo organizowane szkieletowo (dowódcy plutonów i drużyn z zastępcami oraz dowódcy sekcji). Przewidywano wypełnienie składów w trakcie pogotowia przez zaciąg przygotowanych osób, lub po powstaniu drogą przymusowego poboru roczników 1891-1903 oraz ochotników roczników przedpoborowych i starszych powyżej 1891 roku.