Praca naukowa Źródłem jego pracy naukowej jest wersologia (porównawcza) teoria i historia wersyfikacyjnego ukształtowania słów. Jego drugim kierunkiem zainteresowań była porównawcza slawistyka (zgłębianie słoweńsko-polskich stosunków literackich, teoria i historia przekładu) oraz badanie historii słoweńskiego piśmiennictwa od Brižinskih spomenikov do powieści Frančka Rudolfa. Oprócz tego Tone Pretnar był niezwykle zdolnym tłumaczem, który przekładał z imponującej ilości języków, głównie słowiańskich (polskiego, czeskiego, rosyjskiego, litewskiego, angielskiego). Jednak najwięcej utworów tłumaczył z języka polskiego na słoweński, ale też odwrotnie. W 1980 roku wspólnie z Emilem Tokarzem napisał podręcznik do nauki języka słoweńskiego dla Polaków oraz przygotował słownik słoweńsko-polski we współpracy z Bożeną Ostromęcką-Frączak. Sam również pisał poezję i dlatego sam siebie żartobliwie określił mianem grafomana. Ponadto pełnił także funkcję redaktora.