Cztery minuty przed wejściem porywaczy do kokpitu, załoga została powiadomiona o ataku dwóch innych samolotów na wieże World Trade Center i ostrzeżona przed próbą porwania samolotu. O godz. 9:26 pilot poprosił o potwierdzenie tej informacji. Prawdopodobnie, na polecenie Dżarraha, jeden z porywaczy (przypuszczalnie Saeed al-Ghamdi) zaatakował jedną ze stewardes. Następnie Al-Haznawi zabił jednego z pasażerów i wyjął atrapę bomby. Pasażerowie uciekli na tył samolotu. O 9:28 stewardesa została zmuszona przez terrorystę do otwarcia drzwi kokpitu, do którego następnie wbiegli uzbrojeni w noże Al-Ghamdi i Al-Nami, atakując i zabijając pilotów poprzez podcięcie im żył. W momencie ataku kontroler ruchu lotniczego usłyszał: „Mayday!” od pilota, czyli komunikat informujący o stanie zagrożenia. Po krótkim czasie w kokpicie padły słowa „W imię Allaha”, po którym nastąpił krzyk kobiety należący do zamordowanej razem z pilotami stewardessy. Gdy samolot zaczął gwałtownie opadać, za sterami zasiadł Zijad Dżarrah. Po opanowaniu maszyny przez Dżarraha i zastraszeniu pasażerów przez Al-Haznawiego, porywacze zamknęli się w kokpicie. Ahmed Al-Nami prawdopodobnie pomagał Al-Haznawiemu w przetrzymywaniu pasażerów w tylnej części samolotu. Terroryści po przejęciu sterów zaczęli kierować się w stronę nowego celu – Waszyngtonu.