Atak pasażerów spowodował, że porywacze stracili panowanie nad sytuacją. Zijad Dżarrah, mając poważne kłopoty w opanowaniu Boeinga 757, usiłował utrudnić pasażerom przedostanie się pod drzwi kokpitu, kładąc maszynę raz na lewe, a raz na prawe skrzydło. Sprawiało to, że pasażerowie tracili równowagę w wąskich przejściach wnętrza samolotu. Pomimo tego zdołali przejść na przód maszyny. Najprawdopodobniej wspomagając się wózkiem do rozwożenia posiłków, staranowali jednego z terrorystów (przypuszczalnie Al-Haznawiego) stojącego przed drzwiami kokpitu. Pasażerom udało się go obezwładnić oraz zabić. W tym czasie trzej porywacze zamknięci w kokpicie mieli pełną świadomość wydarzeń mających miejsce na pokładzie. Ich chaotyczne rozmowy prowadzone w języku arabskim, przerywane przez sygnały ostrzegawcze i alarmy wskazują, że nie byli przygotowani na taki obrót spraw. Pilot-samobójca Zijad Dżarrah najprawdopodobniej wtedy podjął decyzję o rozbiciu samolotu. Doradzali mu to jego kompani, usiłujący uniemożliwić pasażerom wtargnięcie do kokpitu. thumb|Zdjęcie krateru z bliska Gdy pasażerowie zaczęli wyważać drzwi do kabiny pilotów, Zijad Dżarrah gwałtownie obniżył pułap lotu (zostało to potwierdzone przez zapisy parametrów lotu).