W 2003 roku Słoweniec po raz trzeci w karierze został zawodnikiem Olimpiji Ljubljana. W połowie sezonu 2004/2005 przeniósł się jednak do klubu NK MIK CM Celje.
W 2005 roku Cimirotič wyjechał do Korei Południowej, gdzie reprezentował barwy Incheon United. Przygoda z tą drużyną trwała jednak bardzo krótko i jeszcze w tym samym roku Sebastjan trafił do Hajduka Split. W rozgrywkach 2006/2007 Cimirotič grał już dla NK Domžale, z którym zdobył mistrzostwo Słowenii. Po zakończeniu sezonu został piłkarzem Bežigradu Lublana, który powstał w miejsce zbankrutowanej Olimpiji.
Kariera reprezentacyjna Cimirotič początkowo występował w reprezentacji Słowenii do lat 21, dla której w 12 pojedynkach strzelił 5 bramek. W seniorskiej kadrze zadebiutował 25 marca 1998 roku w przegranym 0:2 meczu z Polską. W 2002 roku Srečko Katanec powołał go do drużyny narodowej na mistrzostwa świata. Na mundialu tym Słoweńcy zajęli ostatnie miejsce w swojej grupie i odpadli z turnieju. Cimirotič wystąpił we wszystkich trzech spotkaniach, a w przegranym 1:3 pojedynku przeciwko Hiszpanii zdobył honorową bramkę dla swojego zespołu.