Było to ostatnie podium zawodów PŚ w karierze Funakiego.
W latach 2005–2009 Funaki nie pojawiał się w zawodach Pucharu Świata. W przeciwieństwie do starszych od siebie, byłych kolegów z kadry, Kasaiego i Okabe, nie walczył o miejsce w kadrze narodowej. Występował w zawodach niższej rangi – lokalnych w Japonii oraz międzynarodowych, takich jak FIS Cup. W sezonie 2008/2009 zajął drugie miejsce w jednym z konkursów Pucharu Kontynentalnego w Sapporo. Tam również, parę dni później, wystąpił po czteroletniej przerwie w zawodach Pucharu Świata, zajmując 19. miejsce.
W 2011 zdobył srebrny medal igrzysk azjatyckich w Astanie i Ałmaty w konkursie indywidualnym na dużej skoczni i złoty w konkursie drużynowymWyniki konkursu drużynowego ZIA 2011 . Od 2013 roku bierze udział wyłącznie w zawodach krajowych.
Podczas zawodów Pucharu Świata w Zakopanem 17 stycznia 1999 za skok na odległość 119 metrów otrzymał 5 not po 20 punktów i otrzymał za ten skok notę 125,4 pkt. 19 marca 1999 na Velikance w Planicy skoczył 206,5 m, co do dziś jest jego rekordem życiowym. Wygrał 15 konkursów Pucharu Świata, 12 razy był drugi i 11 razy trzeci.
Igrzyska olimpijskie Indywidualnie 1998 Nagano/Hakuba–srebrny medal (K-90), złoty medal (K-120)2002 Salt Lake City/Park City–9. miejsce (K-90), 7.