Podczas II wojny światowej wraz z rodziną przebywał w getcie warszawskim. Zamieszkał przy ulicy Orlej. W getcie należał do najbliższych współpracowników archiwum Ringelbluma. Dzięki działaczom Żydowskiej Socjalnej Samopomocy on i jego rodzina nie zaznała w getcie głodu. Pod koniec 1940 roku wykryto u niego raka. Wówczas dostał do dyspozycji sekretarza, który zajął się katalogowaniem i przepisywaniem na maszynie jego materiałów oraz rozszyfrowaniem jego stenograficznych notatek. Szmul Lehman również w getcie badał obyczaje i zachowania Żydów. Zaraz na początku wojny notował różne nowe słowa i słówka, historyjki i kalambury, które były wyrazem reakcji Żydów na zaistniałą sytuację. Szmul Lehman zmarł 23 września 1941 roku. Został pochowany na cmentarzu żydowskim przy ulicy Okopowej w Warszawie, lecz jego nagrobek nie zachował sięNie odnotowuje go baza nagrobków osób pochowanych na tym cmentarzu..
Wszystkie prace Lehmana, posegregowane przez jego sekretarza zaginęły. Sam Emanuel Ringelblum kilkakrotnie, osobiście, prosił żonę Lehmana i jego syna, by powierzyli mu dzieło ojca. Spadkobiercy jednak nie zrobili tego.