Ponieważ nielegalnie działał w Komunistycznej Partii Jugosławii musiał w roku 1930 wyemigrować, mieszkał potem w Wiedniu, w Paryżu a także w Moskwie. Jako agent Kominternu podróżował po Europie. Z powodu działalności komunistycznej wielokrotnie był aresztowany. Z czasem został jednym z przywódców KPJ. Po sporze z Tito, nowym generalnym sekretarzem KPJ, w roku 1939 nielegalnie powrócił do Słowenii i ukrywał się w okolicy Lublany. Do kwietnia 1941, początku drugiej wojny światowej w Jugosławii, wycofał się z polityki i poświęcił działalności pisarskiej.
Po powołaniu konspiracyjnej organizacji Osvobodilna Fronta (OF) ponownie uaktywnił się w organach partyjnych i różnych komisjach OF. Na początku 1943 aresztowali go przedstawiciele MVAC (wł. Milizie volontarie anticomunista) i przekazali go Włochom. W przesłuchaniach Prežihova brali udział również Niemcy, którzy przyjechali z Berlina. Zgodnie z jego oczekiwaniami, w czasie przesłuchań zaproponowali mu stanowisko przewodniczącego słoweńskiego marionetkowego państwa, w skład którego oprócz dzielnicy Lublany i regionu Przymorza wchodziłyby również Górna Kraina i Styria. Propozycję odrzucił.