nie mógł natomiast skutecznie patrolować Missisipi pomiędzy Port Hudson a Vicksburgiem. Decyzja Farraguta okazała się bardzo kosztowna, zarówno dla jego flotylli jak i Armii Unii, która pod Port Hudson poniosła największe straty w tej kampanii.
Vicksburg skapitulował 4 lipca 1863 roku i tym samym Port Hudson stał się ostatnim, samotnym punktem oporu konfederatów nad Missisipi. 9 lipca gen. Banks przyjął kapitulację jego garnizonu, kończąc tym samym najdłuższe oblężenie w militarnej historii Stanów Zjednoczonych. Przejęcie kontroli nad Missisipi było jednym z najważniejszych celów strategicznych Unii; po zdobyciu Port Hudson terytorium Konfederacji zostało rozbite na dwie części.
5 sierpnia 1864 roku Farragut odniósł swe największe zwycięstwo w bitwie w zatoce Mobile. Miasto Mobile było ostatnim (nie zdobytym jeszcze) konfederackim portem na południu. Zatoka była gęsto zaminowana (miny morskie nazywano wówczas torpedami), a wąskiego wejścia do portu broniły dwa silne forty. Świadomy zagrożenia, Farragut kazał zastosować zabezpieczenia wcześniej wypróbowane na Missisipi: okręty połączono parami, tak że większe jednostki osłaniały kadłubami słabsze od strony silniejszego fortu Morgan;