W definicjach instytucjonalnych (systemowych) definiowanie następuje poprzez podanie kryteriów diagnostycznych, których spełnienie jest konieczne, by schorzenie zostało zidentyfikowane jako ta właśnie, a nie inna jednostka chorobowa.
ICD-10 W dziesiątym wydaniu klasyfikacji (ICD-10) z roku 1993 pedofilia została opisana w rozdziale „Zaburzenia preferencji seksualnej”, i otrzymała numer kodowy F65.4. Aby można było ją rozpoznać, muszą być spełnione trzy kryteria ogólne dla zaburzeń preferencji seksualnej (F65) (jest to kryterium A), oraz dwa kryteria specyficzne dla pedofilii (B i C)Patrz rozdział F65 DISORDERS OF SEXUAL PREFERENCE (s. 165) i F65.4 Paedophilia (s. 166). .
Kryteria ogólne dla zaburzeń preferencji seksualnej: G1. Osoba doświadcza nawracających (recurrent), silnych (intense) seksualnych pragnień (urges) i fantazji dotyczących niezwykłych przedmiotów lub działań. G2. Osoba działa zgodnie z tymi impulsami lub odczuwa z ich powodu znaczące cierpienie (is markedly distressed by them). G3. Preferencja występuje przez co najmniej 6 miesięcy.