W 1839 roku poślubił Elisę Amalię Tvede (1815–95), lecz małżeństwo zostało rozwiązane i w 1844 roku Foyn udał się do Finnmarku, gdzie odszukał znajomego rodziny Pedera Mikkelsena, który zajmował się połowami w wodach Spitsbergenu. Razem z Mikkelsenem poławiał foki i morsy na północy. W 1845 roku zlecił w rodzinnym mieście budowę nowatorskiej łodzi przeznaczonej jedynie do połowu fok – była to pierwsza jednostka tego typu w Norwegii. Połów fok okazał się na tyle lukratywny, że pozwolił później Foynowi na zajęcie się wielorybnictwem. Pierwszego wieloryba – wala grenlandzkiego – odłowił w 1849 roku. W tym samym roku poślubił Magdalenę Margrethe Bull (1824–1905), córkę szypra i armatora Henrika Johana Bulla (1793–1826).

Wobec coraz większej konkurencji w poławianiu fok, malejących profitach i dużych kosztach załogi, Foyn zajął się wielorybnictwem. W latach 60. XIX w. wraz z chemikiem amatorem Hansem Mortenem Thranem Esmarkiem opracował nowe działo harpunnicze, przy czym rola innych pionierów w tym procesie (np. Erika Eriksena (1820–1888)) nie jest do końca jasna.