W 2000 wspólnota wyznaniowa została przeorganizowana w federację niezależnych kościołów, a Kościół Jezusa Chrystusa w Krakowie stał się odtąd jednym z jej kościołów składowych. W 2009 w związku z wejściem w skład Międzynarodowego Kościoła Bożego (International Church of God) federacja zmieniła nazwę na „Kościół Boży w Polsce”.
Kościół Boży w Polsce działa jako związek autonomicznych Kościołów lokalnych i prowadzi działalność misyjną. Biuro Kościoła mieści się w Krakowie.
Kościół w 2024 roku liczył 2942 wiernych należących do 80 zborów.
Zbory mały|Kościół Chrześcijański ZOE w Węgorzewie mały|Siedziba zboru w Rudzie Śląskiej mały|Kościół Jezusa Chrystusa w Krakowie mały|Kościół Boży, Wspólnota Syloe.Kraków-Nowa Huta os. Urocze 11 mały|Kościół Chrześcijański „Nowa Nadzieja” w Krakowie mały|Kościół Chrześcijański „Zwycięstwo” w Sanoku mały|Siedziba zboru „Dom Wody Żywej” w Augustowie Kościoły lokalne wchodzące w skład Kościoła Bożego w Polsce: Województwo dolnośląskie Bielany Wrocławskie – Wspólnota Chrześcijańska Misja 22:22 Leśna – Kościół Chrześcijański „Słowo Życia” Środa Śląska – Kościół Boży „Wspólnota Nowe Życie” Wałbrzych – Kościół Boży „Dom Ojca” Wrocław – Kościół Chrześcijański „Dom Ojca” Wrocław – Kościół Chrześcijański „Słowo Życia” Wrocław – Kościół „G12live” Wrocław – Kościół „Nowe Pokolenie”