Młodość Karola przypadła na bardzo niespokojne dla Niderlandów czasy. XVI i XVII wiek to bowiem okres reformacji i wojen związanych z dążeniami mieszkańców współczesnej Holandii do niepodległości. Nie do końca wiadomo jak ówczesna sytuacja polityczna i społeczna wpłynęła na Malaperta, gdyż źródła zawierają bardzo mało wzmianek na temat jego wczesnego życia. Prawdopodobnie bardzo wcześnie zainteresował się zakonem jezuitów i starał się o przyjęcie w grono nowicjuszy. Być może był to efekt ożywionej działalności Towarzystwa w Niderlandach, które zakładało tu swoje szkoły i starało się służyć mieszkańcom i władzom. W przeciwieństwie do większości członków zakonu, bardzo późno zetknął się ze szkołami jezuickimi. Kolegium, które skończył w Mons, nie należało do Zakonu. Jezuitów spotkał dopiero na studiach filozoficznych w Valenciennes i w Douai, gdzie uzyskał tytuł bakalaureata. Ostatecznie do zakonu dołączył 1600 roku w czasie studiów w Douai. Od tamtego momentu był poddany standardowej edukacji jezuickiej, która obejmowała podstawowe informacje z zakresu przedmiotów ścisłych i humanistycznych, z naciskiem na filozofię i teologię. Malapert od momentu wstąpienia do zakonu często zmieniał miejsce pobytu, co było efektem edukacji w różnych szkołach. Przebywał między innymi w Tournai, Arras, Douai, Leuven, Verdun i Pont-à-Mousson.