Swoboda wyznania Jan Zygmunt był wychowywany jako katolik. Pod wpływem swojego lekarza nadwornego, Jerzego Blandraty, przeszedł na luteranizm, a następnie na kalwinizm. W dorosłym życiu znaczny wpływ wywarł na niego Ferenc Dávid, który przyczynił się do tego, że Jan Zygmunt zmarł jako unitarianin. Istotnym posunięciem władcy było ogłoszenie wolności wyznania, do czego doszło w 1568 roku, podczas zgromadzenia narodowego w Turda. W ten sposób reformacja w Siedmiogrodzie umocniła się i uformował się system czterech akceptowanych wyznań, w którym katolicy, luteranie, kalwini i unitarianie mieli taki sam status.
Umocnienie Księstwa Siedmiogrodzkiego lewo|mały|Księstwo Siedmiogrodu za panowania Jana II Zygmunta w 1570 thumb|Sarkofag Jana II Zygmunta Zápolyi w katedrze św. Michała w Alba Julia W 1562 roku doszło do krwawego stłumienia buntu Seklerów. W 1566 roku Jan Zygmunt otrzymał od sułtana Sulejmana dokument-przymierze (węg. szövetség-levél), który dawał mieszkańcom Siedmiogrodu prawo do swobodnego wyboru władcy. Na mocy układu w Spirze z 1570 roku Jan Zygmunt zrzekł się tytułu królewskiego i jako pierwszy używał tytułu księcia Siedmiogrodu.