Po aresztowaniu Oszackiego przez gestapo Szczeklik został ordynatorem Oddziału i pozostał nim do końca wojny.

Po wojnie w 1945 habilitował się u Tadeusza Tempki; już jako docent kierował przez rok Zakładem Patologii Ogólnej UJ, po czym wyjechał do Wrocławia, gdzie objął w 1946 kierownictwo najpierw I Kliniki Chorób Wewnętrznych tworzącej się tu nowej uczelni (początkowo połączonych Uniwersytetu i Politechniki), a następnie III Katedry i Kliniki Chorób Wewnętrznych Akademii Medycznej. Na stanowisku tym pozostał aż do przejścia na emeryturę w 1968. 14 listopada 1970 otrzymał tytuł doktora honoris causa Akademii Medycznej we Wrocławiu.

W latach 50. w okresie urlopu odwiedzał rodzinne Pilzno i przyjmował w domu prywatnie pacjentów, którzy przyjeżdżali z pobliskich miast.

Mąż Marianny z Gruszczyńskich (1902–1996). Ojciec profesorów medycyny Andrzeja i Jerzego (1939–2017).

Zmarł we Wrocławiu, pochowany na cmentarzu w Pilźnie.

Członkostwo w stowarzyszeniach