W 1980 Rada Główna SDP powołała go na stanowisko sekretarza generalnego. Piastował tę funkcję także w stanie wojennym, gdy zdelegalizowano Stowarzyszenie. Po ogłoszeniu stanu wojennego zrezygnował z pracy w „Polityce”. Współpracował z pismami drugiego obiegu (m.in. „Krytyką”, „Tygodnikiem Mazowsze”, „Wolnym Pismem MOST”), równocześnie pracując w redakcji oficjalnie ukazującego się czasopisma „Niewidomy Spółdzielca”. W 1988 został zastępcą redaktora naczelnego „Gazety Bankowej”. Uczestniczył w obradach Okrągłego Stołu po stronie „Solidarności”. Współpracował z „Gazetą Wyborczą”. W 1989 został redaktorem naczelnym „Rzeczpospolitej”, a w 1991 prezesem spółki Presspublica, wydawcy gazety. Obie te funkcje pełnił aż do śmierci w marcu 1996. Był także założycielem i pierwszym prezesem Związku Kontroli Dystrybucji Prasy i wiceprezesem Klubu Europejskiego.

Jego imieniem nazwano Nagrodę im. Dariusza Fikusa. Został pochowany na nowym cmentarzu na Służewie przy ul. Wałbrzyskiej w Warszawie.

Życie prywatne Był synem dziennikarza Feliksa Fikusa. Jego żoną była prof. Magdalena Fikus, a teściem Kiejstut Żemaitis.