Na początku 2004 roku Windra przeszedł do jednej z czołowych drużyn w kraju, stołecznego Panathinaikosu. W jego barwach zadebiutował 25 stycznia w wygranych 2:1 derbach Aten z AEK Ateny. W swoim pierwszym sezonie był rezerwowym i został mistrzem Grecji (jego udział to 5 ligowych spotkań), a także zdobywcą Pucharu Grecji. Od sezonu 2004/2005 zaczął grać w pierwszym składzie, nie tylko w lidze, ale i w rozgrywkach Ligi Mistrzów. Został wicemistrzem kraju, a w 2006 oraz 2007 i 2008 roku zajmował z Panathinaikosem 3. pozycję w Alpha Ethniki. W 2007 roku wystąpił w finale krajowego pucharu, ale Panathinaikos uległ w nim 1:2 Larisie. W sezonie 2009/2010 wywalczył z Panathinaikosem dublet. W Panathinaikosie grał do 2013 roku.
Latem 2013 Wyndra przeszedł do Levante UD, a w 2015 został zawodnikiem Hapoelu Tel Awiw. W 2016 trafił do Omonii Nikozja.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1999/00 Paniliakos
Beta Ethniki 0 0 2000/01 Veria FC 3.