Z kolei w obrębie dolnego odcinka przewodu pokarmowego główną przyczyną krwawienia do przewodu pokarmowego jest choroba uchyłkowa jelit, stanowi ona przyczynę około 30–50% krwawień. Choroby odbytu, przede wszystkim guzki krwawnicze wewnętrzne, stanowią przyczynę około 10–15% krwawień. Niedokrwienne zapalenie jelita grubego powoduje około 10% krwawień. Nowotwory jelita grubego, głównie rak jelita grubego, przyczyniają się do 5–10% krwawień, a krwawienie po polipektomii 3–7%. Tylko 5% krwawień ma swoje źródło w jelicie cienkim, a nawet w 25% przypadków wszystkich krwawień nie udaje się ustalić jego źródła. U dzieci głównymi przyczynami krwawienia z dolnego odcinka przewodu pokarmowego jest krwawienie z uchyłku Meckela, nieswoiste zapalenia jelit oraz krwawienia z polipów.
Do przyczyn krwawienia z górnego odcinka przewodu pokarmowego należą: choroba wrzodowa żołądka lub dwunastnicy, gastropatia krwotoczna, żylaki przełyku, owrzodzenie przełyku, zespół Mallory’ego-Weissa, rak przełyku, rak żołądka, żylaki żołądka, zmiany Dieulafoya, żołądek arbuzowaty, gastropatia wrotna, uraz przełyku, teleangiektazje, tętniak aorty, hemobilia, krwawienie z przewodu trzustkowego.