Obok wykonywania dekoracji wewnątrz bazyliki, Bernini kierował także, o czym była mowa wyżej, budową samego kościoła. Jego poprzednik, Maderna, dostawił do bazyliki św. Piotra fasadę i po jej bokach przewidział dwie wieże, wykonane już w dolnych partiach. Bernini kontynuował prace według własnych projektów, gdy w 1642 roku w sąsiedztwie wieży pojawiły się rysy. Rywalizujący z Berninim Borromini wymusił wstrzymanie prac, a wkrótce (1644) zmarł Urban VIII. Nowy papież, Innocenty X na stanowisko Berniniego powołał Borrominiego, który nakazał zburzenie wież Berniniego.
Obok prac w bazylice Bernini zajmował się także wykonywaniem popiersi portretowych. Oprócz wiernego oddania wyglądu danej postaci skupiał się także na oddaniu osobowości modela. W 1632 wykonał popiersie Scipione Borghese. Około 1636–1637 wyrzeźbił popiersie Constanzy Bonarelli; to prywatne w charakterze przedstawienie ukazuje żonę współpracownika Berniniego, w której był zakochany. Kolejne popiersia artysta tworzył także w dalszych latach swojej twórczości.