Po wkroczeniu wojsk Napoleona na Litwę został 1 lipca 1812 sekretarzem generalnym Rządu Narodowego Wielkiego Księstwa Litewskiego. W domu Kossakowskiego odbywały się posiedzenia rządu. Wraz z Komisją Rządową w 1815 emigrował na krótko do Lipska; po powrocie do Warszawy zajął się ponownie pracą w oświacie. 13 września 1815 został członkiem honorowym Wydziału Oświecenia Rządu Tymczasowego Królestwa Polskiego, a 7 stycznia 1817 wizytatorem generalnym Komisji Rządowej Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego. Dosłużył się godności rzeczywistego radcy stanu. Był współorganizatorem warszawskiego Towarzystwa Dobroczynności, działał w masonerii. Od 6 lutego 1820 był członkiem Towarzystwa Przyjaciół Nauk.
Twórczość W dobie Sejmu Czteroletniego był autorem znanych utworów satyrycznych. Pisał poezje, zajmował się przekładami literackimi, ogłaszał liczne opracowania historyczne. Pozostawił także pamiętniki. Przez kilka lat (prawdopodobnie 1805–1806) należał do redakcji "Dziennika Wileńskiego", którego był współzałożycielem.