Malarstwo na szkle Jan Fudala uprawiał różne techniki, pastel, olej, akwarelę, rysunek, ale najbliższe było mu malarstwo na szkle. Wskrzesił i propagował tę typową dla kultury góralskiej technikę malarską. Obrazy na szkle Fudali nie mieszczą się jednak w nurcie typowego regionalizmu. Są góralskie w tematyce i stylistyce, ale jego święci, diabły, zbójnicy nie są statyczni, artysta stosował dynamiczną kreskę, jego obrazy są bardzo żywiołowe, takim on zresztą sam był jako człowiek. Jego dzieła cechuje niezwykłe wyczucie kolorów czystych oraz tendencja do lekkiej deformacji. Ulubionym tematem Fudali były boginki rabczańskie, liczne z jego obrazów na szkle przedstawiają kąpiące się w rzece nagie kobiety. Natchnieniem było najbliższe otoczenie jego domu leżącego tuż nad brzegiem Raby. Na szkle malował również obrazy dotyczące bieżących wydarzeń, np. zakopiańską olimpiadę w 2006 roku. Miał w swoim dorobku ponad 50 wystaw indywidualnych w kraju i zagranicą. Jego prace znajdują się między innymi w zbiorach Muzeum Orkana w Rabce, Domu Związku Podhalan w Ludźmierzu, Muzeum Śląskiego w Katowicach, Państwowego Muzeum Etnograficznego w Warszawie, Muzeum Karykatury w Warszawie, Domu Podhalańskiego w Chicago, Domu Polskiego w St.