Anne zmarła na tyfus w obozie koncentracyjnym Bergen-Belsen, tuż przed jego wyzwoleniem.

Rękopis dziennika składa się z trzech obszernych tomów. Pierwszy z nich opisuje wydarzenia z okresu między 12 czerwca a 5 grudnia 1942 roku. Ponieważ drugi z istniejących tomów zaczyna się 22 grudnia 1943 i kończy 17 kwietnia 1944 roku, zakłada się, że oryginalny tom (lub tomy) z okresu między grudniem 1942 a grudniem 1943 roku zaginął (prawdopodobnie podczas aresztowania). Jednakże wydarzenia z tego okresu zostały opisane przez Anne w zachowanej kopii. Trzeci ocalały tom zawiera wpisy od 17 kwietnia do 1 sierpnia 1944 roku – ostatni wpis przed aresztowaniem.

W oryginalnym dzienniku wpisy z pierwszych trzech miesięcy mają formę standardowego pamiętnika (do 28 września 1942), a następnie są adresowane do postaci z książek Joop ter Heul. W opowiadaniach Cissy van Marxveldt uparta Joop również prowadzi dziennik i pisze do grupy przyjaciół o swoich troskach i miłościach. Do listopada 1942 roku Anne adresuje wpisy do przyjaciół Joop: „Kitty”, „Conny”, „Emmy”, „Pop” i „Marianne”. W drugim ocalałym tomie Anne kieruje swoje myśli wyłącznie do „Kitty”, zaś w kopii dziennika, którą później napisała, adresatem wszystkich wpisów jest „Kitty”.