Patrocinium O podwójnym patrocinium katedry zadecydowały jej dzieje, oraz dwa chóry z ołtarzami. Starszy chór zachodni został poświęcony Świętemu Marcinowi rzymskiemu legioniście, misjonarzowi oraz biskupowi Tours. Natomiast powstały w XI wieku chór wschodni ma wezwanie Świętego Szczepana – pierwszego męczennika.
Dzieje thumb|left|Widok katedry i kolegiaty NMP (sztych z 1633)
Początki dziejów biskupstwa mogunckiego nie są znane. Według legendarnych przesłanek Moguncja od roku 80 miała być siedzibą biskupa, którym miał być Crescens (jeden z domniemanych uczniów świętego Pawła), pełniący swoją funkcję w latach od ok. 80 do 103 roku. Historyczne wzmianki dotyczące hierarchów około początku 400 roku (wzmiankowany w Annales Fuldenses biskup Aureus, panujący przed 406 do 436 roku). Na rok 745 przypada nadanie Moguncji statusu siedziby arcybiskupstwa. Pierwszym arcybiskupem został Bonifacy – misjonarz i męczennik który zginął w 754 podczas swojej misji na terenie Fryzji.
Zanim powstała istniejąca do dziś katedra, na tym miejscu istniał konsekrowany w 911 roku przez arcybiskupa Hatto I kościół pw. Świętego Jana, który następnie nosił wezwanie Najświętszego Salwatora.