Zgodnie z opisem autora, instrukcja początkowo pozwalała na całkowicie swobodny rysunek, jednak ze względu na trudności w systematyzacji wyników, została ograniczona do drzewa owocowego. Z podobnych względów wykluczono również możliwość używania przez osoby badane kolorów.
Podręcznik pozwala na powtarzanie testu, bez określenia czasu, po jakim może on zostać powtórzony. Wręcz zachęca do kompilowania zasobu rysunków, „z towarzyszącą w wielu przypadkach uwagą, że następne drzewo musi być narysowane zupełnie inaczej od poprzedniego”. Autor uzasadnia to niemożliwością ustalenia, które „warstwy psychiki” zostały wyrażone w których rysunkach.
Podręcznik zawiera tabele rzekomych korelatów psychologicznych określonych elementów rysunku, jednak sam Koch przyznaje, że zbyt wiele jest elementów wskazujących na patologie psychiczne, niż na stany normalne i pozytywne. Każdy element rysunku ma mieć znaczenie, a obecnie na szkoleniach podaje się nawet wzory, mające rzekomo z umiejscowienia dziupli na drzewie pozwolić ustalić wiek przebycia traumy.