Giovanni Francesco Anerio (ur. około 1567 w Rzymie, zm. 12 czerwca 1630 w Grazu) – włoski kompozytor.
Życiorys Był młodszym bratem kompozytora Felice Anerio. W latach 1574–1579 był dyskantystą w Cappella Giulia w Rzymie, następnie od około 1583 roku związany był z Oratorium Filipa Neriego. Od 1584 roku pełnił posługę ostiariusza, a od 1586 roku lektora. W 1595 roku objął funkcję organisty archikonfraterni SS. Crocifisso przy kościele św. Marcelego. Pełnił funkcję kapelmistrza w bazylice św. Jana na Lateranie (1600–1603), kościele Santo Spirito in Sassia (1605–1609), a od 1609 roku w katedrze w Weronie. Po powrocie do Rzymu w 1611 roku został prefektem muzyki w Seminario Romano, a od 1613 do 1620 roku był kapelmistrzem w kościele Santa Maria ai Monti. W 1616 roku otrzymał święcenia kapłańskie.
W 1624/1625 roku przybył do Warszawy, gdzie objął posadę kierownika chóru na dworze króla Zygmunta III Wazy. Zmarł w trakcie podróży powrotnej do Rzymu.