Jan, pozbawiony ambicji i większych talentów politycznych sprawowanie władzy pozostawił ojcu. Sytuacja małego cesarstwa dalej się jednak komplikowała. Car bułgarski pod wrażeniem epidemii, która zabrała mu najbliższych, jeszcze w tym samym roku wycofał się z zaczepnych kroków przeciw cesarzowi nicejskiemu W 1239 roku wypędzony Manuel, przy poparciu cesarza nicejskiego Jana III Dukasa Watatzesa zdołał opanować Tesalię i zmusił Teodora do uznania swoich nabytków. W 1241 roku zmarł Iwan Asen II, a Bułgaria znalazła się w kryzysie. Wykorzystując sytuację w 1242 roku z silną armią pod murami Tessaloniki stanął Jan III Dukas Watatzes. Na szczęście dla oblężonych Cesarstwo Nicejskie najechali właśnie Mongołowie i cesarz musiał zaniechać zdobywania miasta. Przewaga sił nicejskich była jednak na tyle poważna, że Teodor skłonił syna do zrzeczenia się godności cesarskiej i uznania zwierzchnictwa nicejskiego władcy. Jan III obdarzył Jana Angelosa tytułem despotesa i przyrzekł uszanować odrębność podporządkowanych mu ziem.