Na początku VII wieku miasto przeszło pod panowanie arabskie, zmieniając nazwę na Ajlun. W latach 788 i 796 zostało zniszczone przez plemiona beduińskie, które chciały zniszczyć chrześcijańskie wpływy w regionie. W 985 miasto zostało zburzone, a jego mieszkańcy wzięci do niewoli. W okresie panowania krzyżowców, w 1135 król Fulko V wzniósł w tym miejscu zamek obronny. Rok później król podarował zamek Zakonowi Rycerskiemu Szpitalników. W 1168 utworzyli oni tutaj kolonię Franków, nazwaną „Bethgibelin”. W 1187 zamek zdobyła armia Saladyna, który nakazał rozebranie tutejszych fortyfikacji. W następnych wiekach Bajt Dżibrin rozwijało się jako niewielkie miasteczko służące jako stacja pocztowa.
W okresie panowania Osmańskiego, w 1552 Sulejman Wspaniały częściowo odbudował tutejszy zamek. Pełnił on funkcję strażnicy chroniącej szlak handlowy pomiędzy Gazą a Jerozolimą. W 1596 w osadzie mieszkało 50 muzułmańskich rodzin, które utrzymywały się z hodowli pszenicy, jęczmienia, sezamu i hodowli kóz. W XIX wieku na czele społeczności Bajt Dżibrin stał klan rodziny Azza. Gdy w 1840 rodzina Azza dołączyła do buntu przeciwko panowaniu Imperium Osmańskiego i odmówiła płacenia podatków, Turcy podjęli próbę pokonania tutejszych liderów arabskich.