Decyzją Rady Narodowej Chłapowski został w końcu awansowany do stopnia generała dywizji i powierzono mu naczelne dowództwo na Litwie, lecz nie dotarła ona na czas (Chłapowski dowiedział się o niej dopiero w Prusach). Oddział został zmuszony do przekroczenia granicy prusko-rosyjskiej, gdzie Chłapowski jako poddany pruski został skazany na rok więzienia. Uniknął konfiskaty majątku, zamienionej na wysoką grzywnę. Karę odbył w twierdzy w SzczecinieMarek Jaszczyński. Bohater wojen napoleońskich był więziony w Szczecinie. Generale, czekamy na ulicę. Strona internetowa szczecinnaszemiasto.pl (dostęp 21.01.2024), gdzie napisał podręcznik O rolnictwie.
Po wyjściu na wolność powrócił do Turwi. Związał się wówczas politycznie ze swoim byłym podkomendnym Karolem Marcinkowskim. W latach 1838–1845 współpracował z „Przewodnikiem Rolniczo-Przemysłowym”, do którego pisał artykuły o tematyce rolniczej. Miał zamiar założyć Akademię Rolniczą, do czego krokiem było kształcenie licznych praktykantów w majątku turewskim. Byli wśród nich późniejsi działacze tacy, jak Maksymilian Jackowski. Był również współzałożycielem i wydawcą „Przeglądu Poznańskiego” i „Szkółki Niedzielnej”. Całokształtem swojej działalności kładł podstawy pracy organicznej, tym samym opierając się germanizacji.