Bundesligi.
Pierwszym meczem Suboticia w sezonie 2007/2008 było spotkanie z klubem VfR Wormatia Worms (6:1) w I rundzie Pucharu Niemiec. W sezonie 2007/08, Subotić wywalczył sobie miejsce w podstawowym składzie drużyny z landu Nadrenia-Palatynat. Defensywa Mainz spisywała się na tyle dobrze, że zespół ten w 34 meczach ligowych stracił 36 goli, co było najlepszym wynikiem ligi. Pierwszą bramkę w lidze dla Mainz zdobył 21 października 2007 roku w meczu z SV Wehen Wiesbaden (3:1). Gole zdobył również w meczach z TuS Koblenz (1:1), SC Freiburg (1:1) oraz VfL Osnabrück (2:1).
Przed sezonem 2008/2009 Jürgen Klopp, ówczesny trener Mainz, został nowym szkoleniowcem Borussii Dortmund i zaraz po objęciu nowej funkcji ściągnął do swojej nowej drużyny Suboticia. Transfer kosztował drużynę z Zagłębia Ruhry 4,5 miliona euro.