W czerwcu 2009, podobnie jak Nuri Şahin, podpisał nowy kontrakt. Będzie go obowiązywał do końca sezonu 2013/2014. Pierwszym meczem Suboticia w nowym sezonie był mecz w Pucharze Niemiec przeciwko SpVgg Weiden (3:1), rozegrany 1 sierpnia 2009 roku. W sezonie 2009/2010, Subotić podobnie jak trzech innych graczy zagrał w pełnym wymiarze czasowym wszystkie 34 mecze ligowe. Strzelił w nim 3 gole, które padły w spotkaniach: z VfL Bochum, Hannoverem 96 i Werderem Brema.
Pierwszym oficjalnym meczem Nevena Suboticia w sezonie 2010/2011 był mecz w ramach Pucharu Niemiec z drużyną SV Wacker Burghausen, rozegrany 14 sierpnia 2010. BVB wygrało go 3:0. Subotić grał w nim przez 90 minut oraz zdobył bramkę po dośrodkowaniu Şahina z rzutu rożnego. W rozgrywkach Bundesligi sezonu 2010/2011 zdobył jednego gola – miało to miejsce 27 listopada w meczu z Borussią Mönchengladbach (4:1). Po zakończeniu sezonu świętował wraz z Borussią zdobycie przez nią swojego siódmego w historii mistrzostwa Niemiec.
W sezonie 2011/2012 Borussia Dortmund zdobyła po raz drugi z rzędu mistrzostwo Niemiec. 12 maja 2012 triumfowała w krajowym pucharze, po wygranej 5:2 nad Bayernem Monachium w Berlinie. Subotić rozegrał wtedy pełne 90 minut.