Potem klub przeżywał problemy finansowe. Po sezonie 2000/01 ponownie spadł do Drugiej Lihi, a po następnym sezonie 2001/02 zrezygnował z dalszych występów w lidze profesjonalnej.
Odrodzenie nastąpiło od sezonu 2003/04 w Drugiej Lidze. 28 grudnia 2004 roku klub z powrócił do nazwy Dnipro Czerkasy.
Od sezonu 2006/07 klub ponownie występował w Pierwszej Lidze. Po 2 sezonach w 2008 ponownie zdegradowany do Drugiej Lihi.
21 maja 2009 oficjalne został rozformowany, ostatni mecz rozegrał 9 maja 2009 z MFK Mikołajów.
Sukcesy 3. miejsce w Pierwszej Lidze (1 x): 1999/00
Trenerzy
1955: ? 1956: I.Tkaczenko 1957: Franc Atbaszjan 1958–??.1960: Abram Łerman ??.1960–1961: Mykoła Zaworotny 1962: Abram Łerman 1963: Dmytro Alimow 1964–1965: Wołodymyr Hreber 1966–1968: Franc Atbaszjan 1969–07.1969: Dmytro Alimow 08.1969–1970: Mykoła Zaworotny 1971–08.1971: Tyberij Popowicz 09.1971–12.1971: Łeonid Ostrowski 1972: Mykoła Zaworotny 1973–1974: Witalij Chmelnycki 1975: Mykoła Zaworotny ... 1977–06.1978: Borys Usenko 07.1978–06.1980: Anatolij Mołotaj 07.1980–05.1981: Ołeksandr Tołstoj 05.1981–12.1983: Wiktor Żylin 1984–06.1984: Walentin Tugarin 07.1984–0?.1984: Wiktor Łukaszenko 0?.1984–1984: Mykoła Artiuch (p.o.) 1985–1986: Wałentyn Dementjew 1987–05.1989: Wjaczesław Perszyn 05.1989–08.1990: Rudolf Kozenkow