W podobnym okresie miało funkcjonować również 7 młynów wodnych.
XV i XVI wiek były okresem największej świetności miasta, jednak w 1655 roku miasto zajęły wojska szwedzkie. Rok później Pyzdry zostały zniszczone przez obozujący pod miastem korpus szwedzki generała Douglasa. W 1704 roku pod Pyzdrami stoczyły bitwę wojska stronników Leszczyńskiego i Augusta II. W 1707 roku epidemia wyludniła miasto. W 1768 roku wielki pożar, wywołany przez wojska carskie, ścigające oddział konfederatów barskich, zniszczył miasto. W 1776 roku została podpisana umowa pomiędzy burmistrzem Pyzdr Karolem Ogrodowiczem a Bogusławem Waberem, miejscowym cieślą. Dotyczyła ona odbudowy miasta.
W wyniku II rozbioru Polski z 1793 roku rozpoczęła się okupacja pruska. Pyzdry były siedzibą pruskiej landratury pyzdrskiej. W 1807 i 1814 roku pożary ponownie zniszczyły miasto.
Królestwo Polskie Na mocy traktatu granicznego z 11 listopada 1817 roku przeprowadzono korektę granicy polsko-pruskiej i Pyzdry z okolicą zostały włączone do Królestwa Polskiego, w którym utworzono polski powiat pyzdrski z siedzibą w Pyzdrach. Oficjalnie pruski landrat pyzdrski funkcjonował do 1818 roku z tymczasową siedzibą już poza Pyzdrami;